電影: Based on anime

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在因「重啟」而被重新啟動的數碼世界，被選召的孩子們和搭檔數碼獸們重逢。然而，緬因貓獸仍保存有以往的記憶，為尋找芽心卻消失了。在尋找緬因貓獸的過程中，出現了一名身份不明的男子。男子揭露「重啟」是世界樹的意志，孩子們則被機械邪龍獸和鋼鐵海龍獸攻擊。產生共鳴的孩子們與數碼獸搭檔再次究極進化，擊退了機械邪龍獸。然而，芽心被不明男子襲擊，緬因貓獸因此產生恐懼，再次異變。...

來自數碼世界的冒險已經過去了十年，來到了2012年。本宮大輔已經20歲了，其他被選中的孩子們也在外貌和生活上有了一些變化。有一天，東京塔上方突然出現了一個巨大的數碼蛋。大輔和他的朋友們遇見了神秘的青年大和田類，他宣稱自己是「世界上第一個與數碼寶貝建立搭檔關係的人類」…...

在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後、並且與貝利亞吸血魔獸戰鬥結束的3年後。2005年，17歲的八神太一已成為高中生。在御台場突然出現了「感染數碼獸」古加獸，以其為契機，太一一行人，與各自的搭檔數碼獸重逢。同時，在他們就讀的月島綜合高中里，新的「被選召的孩子們」，望月芽心轉學而來。太一一行人在御台場搜尋感染數碼獸的途中，與尋找緬因貓獸的芽心相遇。在與扭曲時空中出現的阿爾法獸爭奪緬因貓獸的過程中，太一與大和合力以奧米加獸擊退了阿爾法獸。此後，望月芽心與緬因貓獸成為大家的夥伴。...

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故事述敘在遙遠的未來，太陽系被數量無法估計的宇宙怪獸所形成的「紅色天河」所包圍，人類從此無法踏出太陽系一步，宇宙怪獸也持續威脅到人類，為此特別成立了一個對抗宇宙怪獸的「自治互助組織」，其「宇宙怪獸迎擊部隊」是由一群被稱為「Topless」的超能力者所組成。以此作為故事背景，而女主角「諾諾」因為希望成為「諾諾·莉莉」般的人物，而離家出走，並以她的努力與毅力踏上成為「宇宙駕駛員」之路。...

宇宙世紀0087年，地球圈陷入了極度的戰亂時代。在這場聯邦軍菁英組織「迪坦斯」與反地球聯邦組織「幽谷」之內戰進行的同時，幽谷改由克瓦特羅（夏亞）全權指揮，「從木星回來的男人」希羅克企圖將迪坦斯納為己有，而吉翁軍殘存勢力「阿克西斯」的指導者哈曼‧坎恩則誓言復興「薩比家」。這三股勢力為了爭奪地球圈的霸權，在複雜的政治與軍事策略之情勢中，作戰舞台移至被改造為巨大雷射砲的宇宙殖民地「格里布斯2」，進入最終的局面。 人們的愛情與憎恨在戰場上互相交錯，蕾柯亞離開了幽谷，加入迪坦斯的希羅克陣營；少女莎拉雖然...

引起異變的緬因貓獸在空間的扭曲中消失之後，泉光子郎拼命地尋找著應對感染數碼獸的對策。然而，高石岳卻發現自己的數碼獸搭檔巴達獸被感染的徵兆。期望安定之人——恆常性藉由八神光的身體，宣告了「重啟」這一解決數碼世界與現實世界危機的手段。然而，這伴隨著一個巨大的犧牲，即數碼獸將失去記憶。隨後，暴走的緬因貓獸出現在御台場。數碼獸們雖然團結一致全力以赴，然而感染卻進一步蔓延。唯一有幸未被感染的甲蟲獸與光子郎告別，進化為力神比多獸。力神比多獸將其他的夥伴以及緬因貓獸推回扭曲中的那一瞬間，數碼世界由於「重啟」被...

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世界各大都市（如紐約、倫敦、巴黎、莫斯科）遭到神秘巨大機器人的襲擊，造成嚴重破壞。​這些機器人是由米克奈帝國的暗黑大將軍派出的戰鬥獸軍團的先鋒部隊。​當東京面臨威脅時，主角兜甲兒駕駛無敵鐵金剛前往迎戰。然而，這些新出現的戰鬥獸比以往的機械獸更為強大，令兜甲兒陷入苦戰。​儘管最終擊退了敵人，保護了東京，但無敵鐵金剛也受到了嚴重損傷，光子力研究所遭到破壞，兜甲兒的弟弟兜史郎身受重傷，生命垂危。​...

故事延續靈魂人物剎那·F·塞耶上回與變革者首腦－里朋斯·阿爾馬克最終決戰結束後，過了兩年，也就是西元2314年，地球上空突然出現一艘沒有生命反應的木星探查船…。原來，這是一艘遠在130年前已製就太陽爐的探查船。 正當大家對它卸下設防，誰知，突然冒出未知物體，也就是ELS（Extraterrestrial Livingmetal Shapeshifter）。它企圖強行佔領地球…，更可怕的是，毀滅人類，更是它欲同步進行的殘忍行動。 眼看情況危及，剎那立刻偕同天上人成員，和地球聯邦軍組成保衛地球的...

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一直想要打敗遊戲重新奪回三張神之卡的海馬瀨人，爲了找到能打敗遊戲的卡而去找貝卡斯，並且從貝卡斯那裏了解到貝卡斯他確實有那樣的卡片。於是海馬用三張青眼白龍做賭注向貝卡斯挑戰賭牌決鬥並戰勝了他，按照貝卡斯的預想，海馬應該只從貝卡斯給他提供的牌組裏拿走青眼光龍一張卡，但海馬卻拿走了兩張卡，按照海馬的作風，他是不會對貝卡斯牌組裏的其他卡片感興趣的，於是貝卡斯立刻就感到事情不妙，並想阻止海馬，卻無濟於事。另一方面，遊戲在博物館參觀一批剛從埃及運回來的文物時，發現了一個與自己的千年積木相似的水晶做的金字塔，...

緬因貓獸突然發生變異來到了現實世界，被世界樹所操控的數碼獸也陸續登場。在世界崩壞危機之中，孩子們被強制返回到現實世界。在藏身於暑假的校園中，尋求拯救現實世界和數碼世界的方法的時候，他們被捲入了世界樹和恆常性雙方的對立之中。緬因貓被以敵意相向，再次變換形態。為了拯救由於暴走而飽受折磨的緬因貓獸，芽心最終得出了一個答案：「請殺掉小緬」。正當太一感受到芽心的痛苦，並決定執行她的決定的時候，他被捲入到了傑斯獸的攻擊中，被崩壞的大地所吞噬。悲傷和絕望將小光推向黑暗之中，迪路獸黑暗進化為神聖天女獸墮落形態。...