電影: Minami Takayama

本篇是將第一季內容重新再編集，並且追加TV版播放時所沒有的新繪畫面。...

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第二季14－25話再編集。...

草帽小子一行人在航海途中釣魚時釣到了一個寶箱，打開一看發現裡面有一張紙，寫著「看到大海的肚臍就跳進去，那裡長眠著夢幻的寶藏」，同時海面上出現了一個大洞，就像海的肚臍眼一樣。娜美、騙人布和香吉士決定一起進入海肚臍去尋寶，另一方面留守在船上的魯夫和索隆撿到了一封神秘的瓶中信…。...

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土井老師接受與黃昏時城忍者諸泉尊奈門的決鬥後下落不明，聽聞此事的山田老師和六年級生們隨即展開搜尋。然而，因土井老師的缺席，一年葉組竟找來黃昏時城忍者隊首領─雜渡昆奈門和諸泉尊奈門來擔任代課老師！讓這群忍蛋們狀況百出。在一片混亂的局勢中，霧丸無意間發現土井老師的所在線索。同一時間，在六年級生的搜尋行動時，黃昏時城忍者隊中的冷酷軍師─天鬼突如其來現身，令人震驚的是，天鬼的長相竟與土井老師如出一轍！強敵在前，忍蛋們必須展現強大的「羈絆」，才能克服這場前所未有的考驗。亂太郎、霧丸和新兵衛能否成功救回土井...

因受邀參加新辦公大樓落成紀念電影《大怪獸哥梅拉VS假面超人》的製作發表會，柯南等人來到大阪的日賣電視台。 製作發表期間，幹練的製作人米倉在倉庫發生意外，遭巨大的怪獸模型壓倒死亡。支撐模型的繩索被人用刀子割斷，隸屬大阪府警的大瀧警官將之視為命案而非意外，嫌犯鎖定為米倉的三名下屬，並展開搜查……...

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