電影: Gosho Aoyama

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身為黑衣組織一員的科學家宮野志保（代號雪莉），開發出了神秘的毒藥APTX4869。那就是讓工藤新一變小的藥！但是，黑衣組織殺了她的姊姊明美，因此雪莉決定背叛組織，自己也吞下了APTX4869。服藥後身體縮小的她，化名為灰原哀，隱藏起真實身分。雖然只有一點點，但黑衣組織確實在她的心裡蒙上了一層陰影。 糟糕的是，她再次與黑衣組織的幹部‧琴酒打照面，面臨性命危急的「與黑衣組織的再會」；在碰上巴士挾持事件的車上，感受到組織成員氣息，有著赴死決心的「神秘乘客」；以及故事的最高潮，在豪華列車內，被逼到驚險...

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據說在19世紀末，世間最大的藍寶石「紺青之拳」與海盜船一同沉入新加坡水域。正當新加坡富豪計劃將其回收，並在公開場合現身時，濱海灣金沙酒店發生了謀殺案，現場還遺留著怪盜基德的染血預告書。 原以為獲得藍寶石輕而易舉，沒想到基德在潛入地下金庫時，卻遭到最強空手道家「京極真」的阻撓。而另一方面，沒有護照的柯南也藉由基德的魔術變身為「亞瑟·平井」，在眼鏡、手錶、衣服全被奪走的情況下，被迫服從於基德……究竟這場計畫是否能成功？三人的命運又將會如何？...

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集結電視動畫系列〈柯南 vs. 怪盜基德〉〈名偵探齊聚一堂！工藤新一 vs. 怪盜基德〉等兩人鬥智過招的精采篇章，華麗的魔術手法、精湛的邏輯推理，透過電影院的超大畫面與聲光效果觀賞更是加倍過癮。 然而，怪盜基德的真面目，居然跟行蹤成謎，對外宣稱死亡的高中生偵探工藤新一簡直一模一樣......？...

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因受邀參加新辦公大樓落成紀念電影《大怪獸哥梅拉VS假面超人》的製作發表會，柯南等人來到大阪的日賣電視台。 製作發表期間，幹練的製作人米倉在倉庫發生意外，遭巨大的怪獸模型壓倒死亡。支撐模型的繩索被人用刀子割斷，隸屬大阪府警的大瀧警官將之視為命案而非意外，嫌犯鎖定為米倉的三名下屬，並展開搜查……...

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